Op 7 maart 1999 pleit Minister van Binnenlandse Zaken Sergej Stepasjin al voor een invasie in Tsjetsjenië, als reactie op de ontvoering van MVD-generaal Gennady Shpigun. Desalniettemin werd Stepasjins plan niet gevolgd door premier Jevgeni Primakov.
In de zomer 1999 staat het regime van president Boris Jeltsin en zijn nieuwe premier Vladimir Poetin - net aangesteld en vooral goed in het opvolgen van bevelen - op instorten. De Russische economie is door de corrupte kring rond Jeltsin - zijn 'familie' - verkocht aan de oligarchen. Ze controleren de helft van de economie. Welgeteld 2% van de Russen steunt het duo nog.
Binnen de FSB (opvolger van de KGB) wordt operatie 'Storm in Moskou' voorbereid. Het plan: “Terreuraanslagen uitvoeren die in de schoenen van de Tsjetsjenen geschoven kunnen worden.” Bedoeling is Jeltsin en Poetin in het zadel te houden. Het plan wordt ook effectief uitgevoerd. Op 4 september 1999 sterven 62 mensen in een bomaanslag op een appartementsgebouw waarin families van Russische soldaten leefden. In de twee weken erna worden drie andere appartementsgebouwen en een winkelcentrum opgeblazen, met bijna 300 doden tot gevolg.
Een gerechtelijk onderzoek en het erna komend vonnis besluiten dat de aanslagen werden georganiseerd door Achemez Gochijajev en bevolen door Abu Omar al-Saif, die later werd vermoord. De aanslagen werden gepleegd als vergelding voor het Russisch tegenoffensief tegen de inval in Dagestan. Echter, Russische FSB-troepen werden betrapt bij het planten van een van de bommen, maar werden later vrijgelaten op het bevel van Moskou.
Op 22 september komt Alexei Kartofelnikov thuis in Ryazan, een stad zo'n 100 kilometer ten zuiden van Moskou. Hij ziet personen bommen leggen in de kelder van een appartementsgebouw. De personen worden opgepakt en tonen hun kaart van de FSB. Het verhaal komt uit en de FSB heeft geen andere keuze dan uitleg te geven. “Een trainingsoefening”, verrast directeur Nikolai Patrushev, die de inwoners van Ryazan feliciteert voor hun “waakzaamheid”.
De woede verdwijnt snel, wanneer de Russische autoriteiten melden dat ze een “Tsjetsjeens spoor” volgen. Een dag nadat de “valse suikerbom” in Ryazan ontdekt wordt, bombarderen Russische vliegtuigen de luchthaven van Grozny, de hoofdstad van Tsjetsjenië. Niet veel later trekken soldaten de grens over, en begint de tweede Tsjetsjeense Oorlog.
Niet iedereen gelooft dat verhaaltje. Aleksander Litvinenko en de Tsjetsjeense separatistische overheid, beweren dat de aanslagen in 1999 een valse vlagoperatie waren, gecoördineerd door de FSB met als doel de publieke opinie te winnen voor een volledige oorlog tegen Tsjetsjenië. Dit gaf de populariteit van de toenmalige premier en voormalige FSB-directeur Vladimir Poetin een boost en verschafte zetels aan de pro-oorlogse Eenheidspartij in de Staatsdoema in de verkiezingen van 1999.
Op oudejaarsavond 1999 neemt Jeltsin ontslag, en benoemt Poetin tot zijn opvolger. Diens eerste daad: Jeltsin levenslang immuniteit geven. In de presidentsverkiezingen van maart 2000 haalt Poetin 54% van de stemmen.
