Audit Vlaanderen is het agentschap van de Vlaamse overheid dat audits uitvoert bij de Vlaamse administratie en lokale besturen. Op federaal vlak is er een gelijkaardige dienst. Er werd een protocol uitgewerkt om samenwerking te regelen.
Dat samenwerkingsprotocol van Vlaanderen met de Federale Interne Audit werd al goedgekeurd in het auditcomité van de Vlaamse administratie en in het auditcomité van de lokale besturen. Bij de federale interne auditdienst wordt dit samenwerkingsprotocol volgens een vergadering van midden december “nog juridisch bekeken, alvorens goed te keuren, maar er is geen sprake van principiële bezwaren”.
De Federale Interne Audit voert audits uit over de doeltreffendheid van de systemen van interne controle en risicobeheer bij de federale en programmatorische overheidsdiensten. De verbetering van de werking van de federale overheid staat bij die onderzoeken centraal. Door het formuleren en opvolgen van aanbevelingen en adviezen helpen ze de diensten bij het realiseren van hun doelstellingen. Bij deze audits passen ze het 'single audit' principe toe. Ze werken tot nu toe samen met de andere federale controleactoren, het Rekenhof en de Inspectie van Financiën. De dienst is administratief ondergebracht bij de FOD Kanselarij van de Eerste Minister.
Het jaar 2020 was overigens een bijzonder jaar voor Audit Vlaanderen. Ondanks de coronacrisis is Audit Vlaanderen er toch in geslaagd om 78 lokale auditrapporten op te leveren. Alleen in 2018 waren dat er meer.